Nota
La prima delle linee ferroviarie che costituiscono l'attuale compagnia fu nel 1884 la Tavannes-Tramelan, a scartamento metrico che collegò tra loro i villagi omonimi. Il collegamento venne esteso quando un'altra società aprì al traffico la Tramelan-Les Breuleux-Le Noirmont che venne interamente elettrificata nel 1913. Nel 1927 le due società si fusero nella nuova Chemins de fer Tavannes-Le Noirmont.
Il 7 dicembre 1892 venne aperta all'esercizio la linea più lunga della regione, la Saignelégier-La Chaux-de-Fonds (SC). La linea era lunga 25 km e collegava Saignelégier (Place d'Armes) a La Chaux-de-Fonds penetrando ampiamente nel tessuto urbano.
A queste si aggiunsero nel 1901 la Porrentruy-Bonfol e, nel 1904, la Glovelier-Saignelégier (RSG), ambedue a scartamento normale. Nel 1910 la Porrentruy-Bonfol venne prolungata fino a Pfetterhouse (oggi è in Francia, in Alsazia, ma allora era territorio della Germania) dove si collegò con la ferrovia in provenienza da Dannemarie. Nel 1946 venne sospeso il trasporto di passeggeri tra Bonfol e Dannemarie, nel 1970 la linea fu definitivamente chiusa.
La fusione delle società iniziò nel 1943 con un progetto di ristrutturazione che venne realizzato tra il 1946 e il 1953 realizzandone anche la completa elettrificazione. Nel 1953 la linea regionale Glovelier-Saignelégier venne convertita a scartamento metrico.